常用的保护计算机系统的方法主要包括以下几种：
1. 安装和更新安全软件：例如防火墙、反病毒软件、反恶意软件工具等，这些软件能帮助阻止恶意软件的入侵和攻击。
2. 定期更新和打补丁：软件开发商会不断地发现并及时修复系统中的安全漏洞，并会发布相应的补丁。及时更新系统和应用程序能减少被攻击的风险。
3. 访问安全网站：避免访问含有恶意软件的网站，这些网站可能会悄无声息地下载恶意软件到你的计算机上。
4. 加密重要数据：对重要数据进行加密，即使数据被窃取，也不能轻易地被未授权的人阅读和使用。
5. 备份数据：定期备份重要数据，以防系统崩溃或被攻击时数据丢失。
6. 密码管理：使用强密码，并定期更换，避免在多个网站或服务上使用相同的密码。
7. 电子邮件和链接安全：谨慎处理不明来源的电子邮件和链接，它们可能包含恶意软件或钓鱼攻击。
8. 安全教育：对员工进行网络安全教育，让他们了解如何识别和应对网络威胁。
9. 物理安全：对于重要的计算机系统，还需要考虑物理安全，如锁柜、门禁系统等，以防止物理破坏或数据盗窃。
10. 制定并实施安全策略：包括访问控制、审计跟踪、灾难恢复计划等，这些策略可以帮助减少安全风险并提高系统的整体安全性。
以上这些方法综合起来，可以有效地提高计算机系统的安全性并降低被攻击的风险。