在自然人税收管理系统中增加企业的流程一般如下：
1. 使用税务人员的身份登录电子税务局。
2. 在主页中找到并点击“企业税收管理系统”，或直接在搜索框中搜索相关选项。
3. 进入系统后，选择“企业信息管理”模块。
4. 在该模块中，找到并点击“增加企业”的选项。
5. 根据提示填写企业的相关信息，如企业名称、统一社会信用代码等。
6. 填写完毕后，提交申请并等待税务部门的审核。
7. 审核通过后，企业便成功添加到自然人税收管理系统中。
具体的流程可能会因地区或系统更新而略有差异，建议在进行操作前咨询当地的税务部门或相关人员，以确保流程的准确性和合法性。同时请注意，税收管理系统的使用应严格遵守相关法律法规。