在图层合并过程中，如果有隐藏的图层，这些隐藏的图层不会显示在合并的结果中。这意味着在合并时，隐藏的图层将被忽略，不会出现在最终的图像或文档中。
如果你想在合并图层时包含隐藏的图层，你需要先取消隐藏这些图层。具体操作取决于你使用的软件或工具，例如在Adobe Photoshop中，你可以通过点击图层前面的小眼睛图标来显示或隐藏图层，然后在合并图层之前确保所有需要的图层都是可见的。
请注意，不同的图形编辑软件可能会有不同的操作方式和术语，因此最好参考你所使用的软件的官方文档或帮助文件以获取准确的指导。