在纽约市的阴暗角落里，四个来自不同世界的忍者神龟突然相遇了。他们分别是来自地球的莱昂纳多、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，以及一位来自平行宇宙的神秘忍者神龟——佐伊。佐伊拥有与四位熟悉的忍者神龟不同的技能和背景故事，他的出现打破了原本平静的生活。
一天晚上，佐伊突然出现在四位忍者神龟面前，他带来了关于一个邪恶势力即将入侵的消息。这个邪恶势力由一群渴望统治所有世界的异族组成，他们不仅掌握了强大的科技力量，还拥有一支庞大的军队。为了保护地球免受威胁，五位忍者神龟决定联手对抗这一共同敌人。
经过一系列紧张刺激的战斗，五位忍者神龟凭借各自的特长和团队合作，最终成功击败了异族的首领，解救了被囚禁的无辜民众。这场胜利不仅加强了五位忍者神龟之间的友谊，也向全世界展示了团结的力量。战斗结束后，佐伊选择留在地球上，与四位忍者神龟一起守护和平，共同面对未来的挑战。